Європа зробила значний крок у сфері геномного моніторингу антимікробної резистентності (ЛМР), представивши найбільш всебічне геномне зображення Enterobacterales, стійких до карбапенемів та/або Копистину (CCRE), за всю історію досліджень. Це масштабне європейське обстеження стало ключовою подією у глобальній боротьбі проти ЛМР, що становить серйозну загрозу для громадського здоров'я.

Карбапенем-резистентні Enterobacterales — це критично важливі патогени пріоритетного рівня. Вони викликають важколіковані інфекції при обмеженому виборі терапевтичних засобів та недостатньому розвитку нових антибіотиків. Результати цього великого геномного дослідження були опубліковані у The Lancet Microbe і детально проаналізовані Європейським центром з профілактики та контролю захворювань (ECDC).

Масштаб та методологія CCRE-опитування

Це обстеження, скоординоване ECDC у співпраці зі Швецією та Інститутом пандемічних наук Оксфордського університету, виходить далеко за рамки простого збору даних. Воно є другим великим структурованим геномним опитуванням після EuSCAPE (2013–2014).

• Географія: Дослідження охопило понад 300 лікарень у 36 країнах Європи.
• Дані: Були зібрані епідеміологічні, мікробіологічні та дані секвенування цілого геному (WGS) протягом 2019 року.
• Інновація: Ініціатива ознаменувала перехід від попередніх епідеміологічних оцінок до інтегрованого європейського геномного моніторингу.

Крім збору даних, країни-учасниці пройшли оцінку спроможностей, навчання та зовнішнє забезпечення якості. Це підтримало впровадження геномних методів у національних референтних лабораторіях і дозволило багатьом європейським країнам рухатися до рутинного геномного моніторингу ЛМР.

Епідеміологічна ситуація: Klebsiella pneumoniae

Для штамів K. pneumoniae обстеження CCRE показало, що високоризикові лінії, стійкі до карбапенемів, які уже були виявлені під час EuSCAPE, продовжують циркулювати в європейських лікарнях. Однак з’явилися й тривожні зміни:

1. Зростання набуття генів карбапенемаз високоризиковими лініями.
2. Розширення нових, що виникають високоризиковими ліній.
3. Підвищення поширеності ізолятів, які несуть гени вірулентності.

Тривожні сигнали у Escherichia coli

У випадку з E. coli кілька попереджувальних сигналів вказують на загострення епідеміологічної ситуації в Європі. Ці дані підкреслюють що росте (зростає) складність проблеми:

• Збільшення набуття генів карбапенемаз високоризиковими послідовностями типів.
• Більш широке глобальне поширення успішних мультирезистентних ліній.
• Важливим відкриттям стало збільшення виявлення ізолятів E. coli, що несуть ген карбапенемази NDM-5.

Ці результати свідчать про високий ризик того, що карбапенем-резистентна E. coli може стати ендемічною в Європі, якщо не будуть вжиті подальші заходи у сфері громадського здоров'я.

Висновки: Геномні дані як інструмент контролю АУР

Загалом результати дослідження демонструють гетерогенні, але все більш тривожні епідеміологічні патерни, які різняться від спорадичних випадків до ендемічного поширення в різних країнах.

Геномні дані виявилися критично важливими для відстеження розповсюдження ЛМР у Європі. Крім того, це обстеження надає референтні дані, які дозволяють проводити подальші наукові дослідження щодо карбапенем-резистентних K. pneumoniae та E. coli, допомагаючи впроваджувати більш цілеспрямовану політику у сфері охорони здоров'я.